用进废退适用于生物个体，就是通常理解的某些器官多用则发达，少用则退化，但是这个“进”和“退”是生物个体后天在蛋白质构成水平以及调控上出现的改变，这种改变并不改变个体的基因，因此不具备遗传给后代的能力，不能用于解释生物的进化；

自然选择是在生物的基因层面，大自然进行优化选择，优的基因型总是比劣的存活的多，因此优的基因型遗传保留下来的就多，这个就解释了生物的进化。