湖水色彩的起因：由于水是富含钙离子，水流缓慢，所以经过长年的沉积，水中渐渐生成不同形状的沉积。 湖水对太阳光的散射、反射和吸收。太阳光或自然光是由不同波长的单色光组合而成的复色光，在光谱中，由红光至紫光，波长逐渐减小。九寨沟的湖水呈现艳丽的蓝绿色，说明湖水中短波长的散射远大于长波长，这就是瑞利散射效应。

湖水中常见的离子也有增强短波光散射的作用。同时由于湖水透明度高，湖底的灰白色钙华、黄绿色藻类对透射光的选择性吸收和反射，也增加了湖水色彩的层次和变化。另外，九寨沟的湖泊处于地形起伏很大的深切峡谷中，不同地段同一时间、同一地段不同时间，太阳光的入射角及入射量、湖水表面对光的反射状况和湖水的透明度都有很大的变化，因此也造成了湖水色彩的更加变幻多姿。

五彩池水底有许多石笋，石笋上有一些石粉。就像高低不同的反光镜，显出美丽的颜色。