历史上的南京故宫有三次大的破坏导致毁灭，一是清初为了平定江南地区，满清军队占领南京城，为了将其改为驻防城，大规模的拆建、破坏；二是晚清太平天国定都南京后，为建天王宫殿，再一次东拆西建，几年后湘军攻陷南京，战火吞噬了剩下的皇城；三是1927年蒋介石定都南京后，为了城市建设，拆除了仅剩明皇宫的石料、砖瓦，用于铺路和南京城内的修建，甚至在明故宫基址上修建了军用机场，南京城内明皇宫的建筑越来越少。