两所学校各有各自的长处。

南京大学，是中国第一所集教学和研究于一体的现代大学，其学脉可追溯自孙吴永安元年的南京太学。最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国最早的以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体为特征的现代大学，被誉为“东方教育的中心”，南京大学是985工程首批九所高水平大学中唯一未合并其他院校的高校，有“中国最温和的大学”之美誉。

北京大学，诞生于1898年，初名京师大学堂，是中国近代第一所国立大学，也是最早以大学之名创办的学校，其成立标志着中国近代高等教育的开端。北大是中国近代以来唯一以国家最高学府身份创立的学校，最初也是国家最高教育行政机关，行使教育部职能，统管全国教育。北大催生了中国最早的现代学制，开创了中国最早的文科、理科、社科、农科、医科等大学学科，是近代以来中国高等教育的奠基者。