苹果SE搭载A9处理器，嵌入式M9运动协处理器，内置2GB运行内存，后置1200万像素摄像头，支持Live Photos、VoLTE、4K视频录制等功能。不过相比于iPhone 6s，iPhone SE并不支持3D Touch。

苹果 5s仍然配备800万像素摄像头，使用的是来自索尼定制IMX145系列的CMOS感光原件，具有f2、2光圈、全新的True Tone双色温闪光灯。搭载了苹果公司最新的A7的处理器以及M7运动协处理器，GPU性能均比iPhone 5的A6快2倍，GPU方面A7集成四核心PowerVR G6430，A7也是首款集成此核心的CPU，支持OpenGL ES 3、0。

综上所述，两者各有特色，各有千秋。