1、本质区别：在化学变化中，分子可分，原子不可分，分子是由原子组成的，分子是化学反应的最小的粒子，而原子是不能通过化学反应再分解的。

2、原子：组成单质和化合物分子的最小的粒子，也是元素的最小物质单位。各种元素的原子具有不同的结构和平均质量。在化学反应中不能再分为更小的粒子，原子是由电子、中子、质子等组成的。

3、分子：物质能独立存在并保持该物质一切化学性质的最小粒子。由一种或几种元素的原子依一定的数目和方式结合而成。单质分子一种元素的元组成。化合物分子是由几种元素的原子组成。