南通军分区是属江苏省军区管辖，是南京军区下属的三级单位。

中国人民解放军江苏省军区是中国人民解放军的一个省军区，属军队一级组织，为正军级单位，隶属南京军区建制，管辖范围为江苏省，是江苏省的军事领导指挥机关，同时是中国共产党江苏省委员会的军事工作部门和江苏省人民政府的兵役工作机构，受南京军区和中共江苏省委、省人民政府双重领导。