1、组成不同：自然村是由村民经过长时间聚居而自然形成的村落。行政村是乡政府管理的一个村级行政单位，一般由一个大一些或几个小一些的自然村组成。

2、隶属关系不同：自然村隶属于行政村。自然村受行政村村委会和村党支部的管理和领导。

3、管理不同：行政村的管理实行的是村民自主管理，权利在于村民委员会。而自然村不存在村民委员会。