清朝的六部不隶属于任何机构。

清承明制，六部都直接向皇帝负责，但由于皇帝精力等原因，一直有辅助的中枢机构。比如内阁、早期的议政王大臣会议和后期的军机处，大多数时候皇帝不直接下圣旨，都是由军机处下发文件，所以虽不统属，但实际上六部听命于军机。

六部是中央行政机构中，吏、户、礼、兵、刑、工各部的总称。其职务在秦汉时本为九卿所分掌，魏晋以后，尚书分曹治事，曹渐变为部，隋唐始确定以六部为尚书省的组成部分。以吏、户、礼、兵、刑、工六部比附《周礼》的六官，秦汉九卿之职务大部并入。