条件反射和非条件反射的区别是非条件反射是随着有机体的生长发育而出现，是外界刺激与有机体反应之间与生俱来的固定神经联系。而条件反射是发生在人大脑皮层中暂时性的神经联系，任何无关的联系的事物长期一起出现都有可能引起条件反射。

非条件反射大多由由较低级的神经中枢（如脑干、脊髓）参与完成，而条件反射必须由高级神经中枢大脑皮层的参与才能完成。非条件反射是不需要经过后天学习就存在的本能反应。条件反射是需要人后天的生活中不断获得的一种经验性行为。非条件反射是固定的，不会消退，条件反射是暂时的刺激，可以消退。