裸子植物的种子由种皮、胚和胚乳3个部分组成，种皮外面没有果皮。

1、种皮:裸子植物的种皮由外层、内层、中层三层组成，外层和内层为肉质层，中层为石质层。

2、 胚:裸子植物的胚都是沿着种子的中央纵轴排列，由受精卵发育形成。发育完全的胚由胚芽、胚轴、子叶和胚根组成。

3、胚乳:裸子植物胚乳是单倍体的雌配子体，由受精极核发育形成。一般都比较发达，多储藏淀粉或脂肪，也有的含有糊粉粒。