办学主体的不同。民办学校是由民间资本为主体办学的，其法人代表为最大股份持有者；公办学校由国家出资办学，其法人为代表国家机关来管理学校资产者；管理模式不同。公办高校实行是党委领导下的校长负责制，党委书记实际上成为学校一把手。主要领导权力在当地教育局手中；而民办学校是由董事会领导下的校长负责制，实际领导权力在大股东的手中；行政体制不同。公办学校由于是国家单位的下属机构部；民办学校由于是民间机构办学；收费不同。公办学校由于国家资金的支撑，收费一般低一些；民办学校由于自负赢亏，所以收费比公办学校较高；办学条件不同。由于我国的公有制体制，所以公办学校往往能够获得更多的教学资源，民办学校相对就比较有限。