清洗菩提子时，首先将买来的菩提子放在水中浸泡，将有瑕疵或者损坏的菩提子丢掉，再用硬毛刷仔细刷洗菩提的每个部位。之后将其捞起来仔细揉搓，等它完全阴干后，用猪毛刷重新干刷几次即可。

在清洗菩提子的时候，对于刚买来的菩提子表面多少会有一些果肉或者残渣，最好要先放在温热水中浸泡2个小时左右，以软化里面的碎屑，将浮在水面上的或者颜色不一致的菩提子筛选出来，以免出现色差。

之后用钢丝刷进行反复的刷洗，最好沿着表面上的纹路进行刷，不可用力过大，否则容易导致表面出现大小不一的裂纹，刷洗干净后再放在干净的清水中浸泡一个小时，用手使劲的搅拌，将刷掉的残渣洗出来。

将菩提子刷洗干净后，将其捞起来放在干毛巾上仔细的揉搓，将水分擦干后，置于阴凉的环境中晾干，等完全干燥后用猪毛刷重新刷几次，这样能将表面的皮屑清理干净，还能达到深度清洁的效果，以利于上色。