配子和等位基本不是同一范围里的东西，不是同一个东西。等位基因是存在于同源染色体上相同位置的基因。而配子则是含有体细胞染色体数一半的细胞，一个配子中含有很多的基因，但对于二倍体生物来说，由于不含同源染色体，所以配子中是不会含有等位基因的。

等位基因是存在于同源染色体上的，配子即生殖细胞，是由体细胞通过减数分裂形成的。减数分裂过程中，同源染色体要分离，分别进入到不同的配子中，即最后形成的配子中通常没有同源染色体,相应的配子中也就没有等位基因了。