农村土地使用权拍卖应当与国土资源管理部门协商一致后再行处理。

《关于人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》第24条规定，人民法院执行集体土地使用权时，经与国土资源管理部门取得一致意见后，可以裁定予以处理，但应当告知权利受让人到国土资源管理部门办理土地征用和国有土地使用权出让手续，缴纳土地使用权出让金及有关税费。对处理农村房屋涉及集体土地的，人民法院应当与国土资源管理部门协商一致后再行处理。