对于楼兰城消失的原因：

1、有人认为是由丝绸之路的变迁造成。两晋之后，丝绸之路改走北道，中原在楼兰的驻兵和屯田事业也从此向北转移，所以，在这种情况下，楼兰古城便慢慢被废弃，最终销声匿迹。

2、也有人认为是战争摧毁了楼兰城。作为重地，历史上匈奴、吐蕃、月氏等国都曾统治楼兰。在楼兰城周边的多处墓地可以看出，在同一区域同一时期的墓地葬有不同的人种。有可能是楼兰被占领后，占领者实行了屠城，然后撤离，楼兰因此慢慢被风沙湮没。

3、还有人认为是气候的变化导致了悲剧的发生。这又存在两种针锋相对的猜测，一为楼兰毁于干旱，一为楼兰毁于洪水。