在咸丰四年1854年，大报恩寺塔被毁。关于大报恩寺被毁的原因有两种说法：

清军攻克雨花台后，太平军为防清军占据大报恩寺对城内造成威胁，太平军先下手为强，遂“用火药轰之，复挖空塔座下基地，数日塔倒，寺遭焚毁”。1856年，正逢天京之变，北王韦昌辉因为担心翼王石达开占领城外的琉璃塔，架炮攻击城内，派兵一面在塔下挖地道引爆炸药，一面用火炮直接轰击塔身，最终使琉璃塔化作一堆瓦砾，而大报恩寺的其他建筑也被由此引发的大火全部烧毁。