一、指代不同。1、高等代数：代数在讨论任意多个未知数的一次方程组，也叫线性方程组的同时还研究次数更高的一元方程组。2、高等数学：是由微积分学，较深入的代数学、几何学以及它们之间的交叉内容所形成的一门基础学科。

二、特性不同。1、高等代数：高等代数是代数学发展到高级阶段的总称，包括两部分：线性代数、多项式代数。在初等代数的基础上研究对象进一步的扩充，引进了许多新的概念以及与通常很不相同的量，比如最基本的有集合、向量和向量空间等。2、高等数学：高度的抽象性、严密的逻辑性和广泛的应用性。抽象性和计算性是数学最基本、最显著的特点，有了高度抽象和统一，我们才能深入地揭示其本质规律，才能使之得到更广泛的应用。