裸斑鱼用鳃呼吸的，当水流经过鱼鳃的时候，鳃丝内的微血管可以获取水中的氧气，同时还能排出二氧化碳。除了鱼鳃外，还有一些鱼类具有其它的辅助呼吸器官，比如非洲的肺鱼可以用它们的鱼鳔呼吸，而泥鳅在水中氧气含量不足的时候，会游到水面将气体吞入肠道呼吸，弹涂鱼还能用皮肤呼吸。