龟和鳖的呼吸器官都是肺。

龟的肺在甲壳下面，不能直接呼吸空气，必须靠口腔下方的一升一降把空气吞入口腔，然后再送往肺里，像吞咽食物相似。同时靠其四肢与腹部起伏才能带动其肺呼吸。龟这样吞咽气和呼气运动，令主管龟呼吸的脑干神经得到充分进化，促使龟的长寿。

鳖俗称为王八，在淡水中生活。鳖的呼吸系统包括呼吸道、肺等主呼吸器官和口咽腔、上下颚的鳃状组织、副膀胱黏膜上的微细血管等辅助呼吸器官。