1、熏蒸法。利用臭氧的杀菌效果来达到清洁饮水机的目的。把臭氧灌入饮水机的入水口，熏蒸半小时左右就可以消灭大部分有害细菌，消毒效果很好，而且费用较低，缺点就是清理不了水垢，灰尘等杂质，并且在熏蒸过程中，散发的臭氧对人体也有影响。

2、浸泡法。把含氯的泡腾片泡水里之后，然后倒入饮水机的加热内胆中，浸泡半小时左右。最后用流水反复冲洗内胆，直到内胆干净为止。这种办法的优点就是可以彻底清理水垢和杂质，还能有效清除大肠杆菌，白色念珠菌，枯黄杆菌黑色变种芽孢。缺点就是含氯的泡腾片有很大的刺激性气味，而且机内附作物吸收后就很难冲干净，破坏水的口感，而且会腐蚀机器零部件，影响饮水机使用寿命。因为价格低廉，操作简便，所以用含氯泡腾片消毒也是最为普及的。