股份制企业破产后进行清算的方式如下：

1、成立清算组；

2、破产企业的全面接管；

3、破产企业的财务审计；

4、破产财产的清理、清算；

5、制定破产财产分配方案；

6、制定破产清算报告。

根据《公司法》第一百九十条：公司被依法宣告破产的，依照有关企业破产的法律实施破产清算。