真菌进行有性繁殖：低等真菌为配子的结合，产生结合孢子，有同配生殖和异配生殖之别，和绿藻相似。子囊菌的有性配合后，形成子囊，在子囊内产生子囊孢子。担子菌的有性生殖后，在担子上形成担孢子。担孢子和子囊孢子是有性生殖结合后产生的孢子和无性生殖的孢子完全不同。

真菌是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界，分为四门。真菌自成一门，跟植物、动物和细菌相区别。真菌和其他三种生物最大的不同之处在于，真菌的细胞有含甲壳素为主要成分的细胞壁，和植物的细胞壁主要是由纤维素组成的不同。20世纪的七、八十年代，黏菌、及丝壶菌不再列入真菌的范围，但是真菌学与真菌学家的研究范围仍包括上述物种，因此，现在把传统的广义真菌称为菌物或菌类。