淮安校区位于江苏省淮安市枚皋东路1号，校内主要院系有林学与风景园林学院，工学院，经济管理学院，人文与艺术设计学院，基础课部等。

1、林学与风景园林学院。设有林学，园艺，园林，茶学，风景园林和城乡规划等6个本科专业。

2、工学院。学院设有5个电子信息类专业，2个化工与制药类专业。

3、经济管理学院。以学生为中心，以育人为根本，培养道德品质高尚，科学文化素养与健康人格并重。

4、人文与艺术设计学院。弘扬人文精神，打造具有中国特色的多元文化。

5、基础课部。南京林业大学淮安校区教学单位，设有数学，物理，外语，体育等教研室，负责全校区相关课程的教学工作。