崇祯帝死于内外夹击，内忧外患的崇祯朝。“南迁”问题数度进入最高统治者重要议事日程。所谓“南迁”，就是崇祯朝在京师难保形势下，主动作出战略放弃，迁都南京。与历代王朝不同，明代长期实行“两京”制度，即当年朱棣迁都北京后，仍旧保留南京为留都，并一直配备相应的中央机构。国家危难之际，“两京”制似乎又是明朝歪打正的政治优势。崇祯十五年十一月，清军再次入塞时，朱由检想到迁都。《三垣笔记》载：“上以边寇交织，与周延儒议南迁，命无泄。”