自耕农存在着的缺点是自耕农的地位是孤立的和极不稳定的，他们的土地成为地主兼并的对象，劳动力成为佃农，雇农的后备军，同时还要受官府的压迫剥削，自耕农占有制不论在经济关系中还是在政治影响方面都只能成为地主占有制的附属和补充。

自耕农其实是土地私有制的产物，在土改后，中国农民分到了土地，都转变为自耕农。但在农村合作化尤其是人民公社运动后，农民失去了私有土地，土地变成集体所有，中国长期不存在自耕农。在80年代初的包产到户改革后，尤其是《农村土地承包法》通过以后，农民的土地承包权不断延长，中央允许长期承包，鼓励农地自由流转，但农民拥有的只是土地的经营使用权，而不是土地的所有权，中国的农民不能称为自耕农了。