1、动漫类型不同：《数码宝贝》为数据实体化的动画，动漫中除人类之外登场的一种类生物。《宠物小精灵》为在某个世界类似动物一般的存在的动画；

2、剧情不同：《数码宝贝》讲述数码兽本来较早前创造的些靠不断吸取资料而进化的人工智能程序，但由于某些原因，使它们的人工智能不断提高，并创造了自己的世界，即数码世界，从此，数据兽可以通过数码化和实体化往来两个世界，更加促进了数码兽与人类的关系。《宠物小精灵》主要讲立志成为神奇宝贝大师的小智与皮卡丘一起踏上旅途，一路上，邂逅了不少同伴、劲敌、好友，并他们展开了一次又一次冒险的故事。