明朝三个皇帝以南京为都。明朝建国初期，洪武建文两朝都是以南京为都。到了明朝后期，崇祯帝死后，南明也以南京为都，历时一帝。最终明朝以南京为都共三个皇帝。

明朝是一个由汉族建立的大一统王朝，共传十六帝，享国二百七十六年。在元末民不聊生，爆发红巾起义，朱元璋加入郭子兴队伍。1364年朱元璋称吴王，建立西吴。1368年朱元璋称帝，国号为大明，因皇室姓朱，又称朱明，定都于应天府；1420年朱棣迁都至顺天府，以应天府为陪都。

明初历经洪武之治、永乐盛世、仁宣之治等治世，政治清明、国力强盛。中期经土木之变由盛转衰，后经弘治中兴、嘉靖中兴、万历中兴国势复振，晚明因东林党争和天灾外患导致国力衰退，爆发农民起义。1644年李自成攻入北京，崇祯帝自缢殉国，明朝覆灭。明朝宗室在江南建立南明，随后清朝击败大顺、大西、南明弘光、隆武、绍武等诸政权。1662年永历帝被杀，南明覆灭。