1、从高校排名来看，显然重庆大学作为211高校排名高于武汉理工；

2、从专业设置来看，重庆大学是综合类大学，理工为强项，尤其是建筑类、机械类都是非常好的专业。而武汉理工更侧重理工类学校;

3、从高校所处的地区来看，重庆是直辖市，而武汉是省会城市，级别不同。

当然，建议根据要选择的专业和城市的产业分布再来看下，针对专业和就业而定。